A törvény szerint minden, a közérdekű bejelentő számára hátrányos intézkedés, amelyre a közérdekű bejelentés miatt kerül sor, jogellenesnek minősül akkor is, ha egyébként jogszerű lenne. Kivétel természetesen, ha kiderül, hogy rosszhiszemű volt a bejelentés. Általában amikor közérdekű bejelentést tesz valaki, az azzal jár, hogy különböző titoknak minősülő adatot (pl. üzleti titok vagy adótitok) is fel kell tárnia. A törvény nem ment fel kifejezetten ezen titkok megőrzésével kapcsolatos kötelezettség alól, de enélkül az egész jogintézménynek nem lenne értelme. Az üzleti titok védelméhez fűződő közérdek természetesen megszűnik akkor, ha erre hivatkozva bűncselekményeket takargatnak.
A Közigazgatási és Igazságügyi Minisztérium tájékoztatása: Az alapjogok biztosa kezelhet akár minősített adatokat is, így célszerű a bejelentést az elektronikus rendszeren keresztül ott megtenni. Ha ehelyett közvetlenül a bejelentés elbírálására (a bejelentő szerint) jogosult szervnél teszi a bejelentést, akkor a bejelentő felelőssége, hogy mérlegelje, hogy jogszerű-e, hogy az adott szerv tudomására jutnak ezek a védett információk.
A bejelentést mindaddig jóhiszeműnek kell feltételezni, amíg az állam meg nem bizonyosodott ennek ellenkezőjéről, akárcsak az ártatlanság vélelménél. Nincs joga az államnak büntetőeljárást indítani, házkutatást tartani, amíg a bejelentés tartalmáról előbb meg nem győződött. Aki ellen mégis anélkül lépnek fel, hogy a rosszhiszeműsége bizonyítást nyert volna, jogosult a jogorvoslatra.
A Közigazgatási és Igazságügyi Minisztérium tájékoztatása: A közérdekű bejelentés megtételének pillanatában a közérdekű bejelentő védett helyzetbe kerül. Azt az ellenérdekű félnek kell bizonyítania, hogy a közérdekű bejelentő rosszhiszemű volt és döntő jelentőségű információt valótlanul közölt. Csak ennek bizonyítása esetén nem minősül a hátrányos intézkedés jogellenesnek. Ugyanakkor bűncselekmény gyanúja esetén a bűncselekmény feltárására irányuló eljárás megindítása önmagában nem minősül hátrányos intézkedésnek.
A közérdekű bejelentés feltárása érdekében valóban indítható büntetőeljárás, de álláspontunk szerint ez semmiképp sem irányulhat a bejelentő ellen.